Mặc dù Scotland có truyền thống quân sự lâu đời từ trước đạo luật liên hiệp với Anh, song quân đội hiện thời là một phần của quân đội Liên hiệp Anh. Năm 2006, các trung đoàn thuộc sư đoàn Scotland được hợp nhất thành trung đoàn hoàng gia Scotland.

Nhờ vào địa hình và sự xa xôi hiểm trở, nhiều nơi của Scotland là nhà của các cơ sở quốc phòng bảo mật gây nhiều phản ứng khác nhau của công chúng. Giữa năm 1960 và 1991, Holy Loch là căn cứ của hạm đội tàu ngầm mang hỏa tiễn liên lục địa Sao bắc cực Mỹ. Ngày nay, căn cứ hải quân nữ hoàng Clyde, cách Glasgow 25 mi (40 km) về phía tây, là căn cứ cho 4 tàu ngầm lớp Vanguard được trang bị hoả tiễn liên lục địa Trident. Tàu chiến HMS Caledonia ở Rosyth, Fife được dùng như là căn cứ tiếp tế cho các hoạt động hải quân ở Scotland và cũng như là văn phòng vùng của hải quân ở Scotland và bắc Ireland. Cơ sở phát triển lò phản ứng hạt nhân của hải quân hoàng gia đặt tại Dounreay, và cũng là nơi dành cho chương trình phát triển lò phản ứng nhiệt hạch của Liên hiệp Vương quốc Anh và Bắc Ireland. Tàu chiến HMS Gannet là trạm tìm kiếm và cứu cấp có căn cứ ở phi trường Prestwick, Ayrshire sử dụng 3 trực thăng Seaking Mk 5. Tàu RM Condor ở Arbroath, Angus là nhà của lực lượng đặc công 45, thuộc thủy quân lục chiến hoàng gia.

Hiện tại Scotland có đến 3 căn cứ không quân hoàng gia quan trọng: Không quân hoàng gia Lossiemouth cho máy bay tiêm kích Panavia Tornado, Không quân hoàng gia Kinloss là căn cứ của máy bay tuần tra lãnh hải Nimrod và cuối cùng là Không quân hoàng gia Leuchars là căn cứ không quân phòng không viễn bắc tại Vương quốc liên hiệp. Vùng bầu trời mở để thử nghiệm bắn đạn thật vũ khí hạch tâm yếu (depleted uranium) duy nhất trên quần đảo Anh l là ở gần Dundrennan. Kết quả là trên 7000 đạn dược có phóng xạ nằn dưới đáy biển vịnh Solway Firth. Điều này gây nhiều lo ngại về môi trường. Số lượng nhiều các căn cứ quân sự ở Scotland khiến nhiều người gọi Scotland bằng thuật ngữ pháo đài. Năm 2004, số đất đai sử dụng bởi Bộ Quốc phòng tại Scotland (sở hữu, mướn hoặc có quyền pháp lý) là 115.200 Ha tiêu biểu cho khoảng 31% đất sử dụng cho quốc phòng của cả Anh Quốc.